Sirvi Autor "Raime, Kairi, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

Geneetiliselt muundatud taimede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kasutades kindla pikkusega k-meere
(Tartu Ülikool, 2020) Kangruoja, Siimo; Raime, Kairi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Põllumajanduse tootlikkuse suurendamiseks on kasutusele võetud biotehnoloogilised meetodid, mis võimaldavad luua uute tunnustega sorte geneetilise muundamise teel. Selleks, et tagada tarbijale valikuvabadus ning tõkestada autoriseerimata GM sortide levikut toidu ja sööda ahelas on vaja täpseid ja suure läbilaskevõimega tuvastusmeetodeid. Praegused lahendused pole võimelised efektiivselt identifitseerima pidevalt suurenevat sortide hulka. Käesolevas töö eesmärk on testida k-meeride kasutamise võimalikust transgeense sordi tuvastamiseks sekveneerimise toorlugemitest. Antud meetodit saaks rakendada GM sortide tuvastamiseks toiduainete või sööda toorainest või töödeldud valmis produktidest.
Meeproovide metagenoomne analüüs mesilasperede RNA-viiruste seireks: uudse meetodi väljatöötamine
(Tartu Ülikool, 2025) Vask, Annaliisa; Raime, Kairi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Meemesilased (Apis mellifera) on olulised tolmeldajad, kuid nende populatsioonid on üha enam ohustatud patogeenide, nagu Varroa destructor ja Nosema spp., tõttu. Käesolevas uuringus töötati välja RNA-sekveneerimisel põhinevad meetodid mesilaste RNA-viiruste tuvastamiseks otse meest – see on mittesurev alternatiiv traditsioonilistele PCR-põhistele diagnostikameetoditele. Mesi peegeldab mesilaspere ja selle keskkonna geneetilist materjali, võimaldades tuvastada nii teadaolevaid kui ka harvaesinevaid viiruseid. Uuring viidi läbi EIP-AGRI projekti raames ning tuvastati mitmeid mesilaste viiruseid, sealhulgas Deformed Wing Virus, Chronic Bee Paralysis Virus, Black Queen Cell Virus ja Lake Sinai Virus 2, millest osa jääb tavapärastes testides sageli märkamatuks. Väljatöötatud meetod pakub paljulubavat võimalust laiemaks, varasemaks ja mittesurevaks viirusseireks mesinduses.
Mesilastel nosematoosi põhjustavate mikrosporiidide Nosema apis ja Nosema ceranae tuvastamiseks disainitud PCR praimerite liigispetsiifilisuse analüüs
(Tartu Ülikool, 2021) Idla, Johanna-Stina; Raime, Kairi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mesilastes põhjustavad nosematoosi kõrgelt spetsialiseerunud parasiitsed seened - mikrosporiidid Nosema apis ja N. ceranae. Olenevalt nakkustekitajast võib haiguse kulg mööduda sümptomiteta ja päädida laiaulatusliku mesilaskoloonia surmaga. Nakkuse varases staadiumis PCR-põhise meetodiga tuvastamiseks kasutatakse liigispetsiifilisi PCR praimereid, mis on lähedaste liikide eristamisel tundlikud, täpsed, usaldusväärsed. Teaduskirjandusest leiti potentsiaalseid N. apis’e ja N. ceranae spetsiifilisi praimeripaare, mille liigispetsiifilisust kontrolliti programmiga Primer-BLAST. Liigispetsiifiliseks N. apis’e nakkuse tuvastamiseks singleplex PCR meetodil on optimaalne kasutada Mnapis-F, UnivRev ja N. ceranae tuvastamiseks NosCF, NosCR praimeripaari. Töö tulemust saab rakendada diagnostilise analüüstesti, mille eesmärk on nosematoosnakkuse põhjustajate liigipõhine tuvastus, välja töötamiseks.
Vedelbiopsiapõhine SNP-genotüpiseerimine täppis- ja personaalmeditsiinis
(Tartu Ülikool, 2021) Repson, Maria; Krjutškov, Kaarel, juhendaja; Raime, Kairi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Rakuvaba DNA (circulating free DNA, cfDNA) on fragmenteerunud DNA, mida leidub peamiselt veres. CfDNA esinemine veres on normaalne füsioloogiline nähtus, sest DNA vabaneb pidevalt apoptootilistest rakkudest. Raseduse, kasvaja ja siirdatud organi äratõukereaktsiooni tulemusel vabaneb cfDNA ka eelnimetatud põhjusest. Seega on cfDNA tõhus mitteinvasiivne biomarker, mis võimaldab anda dünaamilist ja täpset hinnangut patsiendi või loote tervisele. Lisaks on võimalik raseduse ajal viia läbi sünnieelset cfDNA-põhist isadustesti. CfDNA analüüsil kasutatakse erinevaid lähenemisi, millest üks on ühenukleotiidsete polümorfismide (SNP) genotüpiseerimine. Käesoleva töö eesmärgid on (i) anda ülevaade cfDNA analüüsi meetoditest, (ii) iseloomustada PCR-praimerite disaini parameetreid cfDNA analüüsiks ja (iii) leida vajaminevate SNP-de hulk sünnieelse isaduse tuvastamise näitel.