Pärmitüvede genotüübid

Pärmitüvede genotüübid annavad infot tüves olevate mutatsioonide kohta võrreldes metsiktüüpi tüvega.

Esmalt näidatakse ära paardumistüüp. Näiteks haploidse pagaripärmi tüve korral on see kas MATa või MAT. Diploidi korral näidatakse ära mõlemad koopiad: MATa/MAT. Seejärel näidatakse ära kõik mutantsed alleelid. Kokkuleppeliselt metsktüüpi alleele üles ei kirjutata. Mendeli seadusi mittejärgivad DNA elemendid (plasmiidid, mitokondriaalne DNA) kirjutatakse nurksulgudesse. Näiteks tüvesse transformeeritud plasmiidi tähistatakse [pRS316].

Laboratooriumis kasutatakse erinevaid pärmide baastüvesid. Näiteks pagaripärmi baastüvedeks on S288C, W303, D273-10B, SK1, FL100, Sigma1278B. Nendel baastüvedel on kõigil erinevad genotüübid. Näiteks kirjutatakse haploidse S288C baastüve genotüüp järgmiselt:

MAT SUC2 gal2 mal mel flo1 flo8-1 hap1 ho bio1 bio6

Selle genotüübi järgi sisaldab S288C mutatsiooni HAP1 (Heme Activator Protein) geenis ja seepärast ei kasutata teda mitokondri uuringutes. Samuti sisaldab S288C mutantseid FLO1 (FLOcculation) ja FLO8 geene ning ei ole võimeline filamenteeruma. S288C tüvi ei kasva ka galaktoosil (gal2), maltoosil (mal) ja melibioosil (mel) ning on võimeline kasvama sahharoosil (SUC2). S228C tüves on defektne biotiini biosünteesi rada (bio1, bio6) ja HO endonukleaas.

Tavaliselt lisanduvad sellisele genotüübile veel muud mutatasioonid (auksotroofsete markerite retsessiivsed alleelid, muudetud lookused, transformeeritud plasmiidid jne.). Kokkuleppeliselt näidatkse siis ära baastüve nimi ning sellele lisanduvad mutatsioonid ja elemendid. Baastüve enda genotüüpi pikalt välja ei kirjutata.