Pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae geenide nimed koosnevad kolmest tähest ning kuni kolmekohalisest numbrist. Mõned näited: MIP1, CDC28, PET111.

Ajalooliselt on geenid saanud oma nimed fenotüübi järgi mis tekib kui antud geen on mutantne. Mõned näited:

• STE geenid (STErile): geenid, mis on olulised rakkude paardumisel (näiteks STE5, STE7, STE50 jne.)
  
• SPO geenid (SPOrulatsion): geenid, mis on vajalikud sporulatsioonil (näiteks SPO7, SPO10, SPO14 jne.)
  
• HIS geenid (HIStidine requiring): geenid, mis on vajalikud histidiini biosünteesi rajas (näiteks HIS2, HIS3, HIS7 jne.)
  

Osade geenide nimed võivad ka anda infot geeni poolt kodeeritava valgu kohta. Mõned näited:

• POL1 - DNA polümeraasi I katalüütiline subühik
• TUB1 - -tubuliin
• ACT1 - aktiin

Paljude geenide nimesid on aja jooksul muudetud. Nii võib üks ja seesama geen olla nimetatud 2-3 eri moodi. Paljudel juhtudel on kokku lepitud käesoleval ajal kasutuses olev nimi. Mõned näited:

• alates 1998. a. kehtivad ribosoomi valke kodeerivatele geenidele uued nimed - kõik suure subühiku valgud nimetatakse RPL (Ribosomal Protein of the Large subunit) ja kõik väikese subühiku valgud tähisega RPS (Ribosomal Protein of the Small subunit).
• RPS2 teised ajalooliselt kasutusel olnud nimed on: RPS4, SUP38, SUP44, SUP138, S2, Ys5, rp12
  
• RPL28 teised ajalooliselt kasutusel olnud nimed on: CYH2, L28, L29, YL24, rp44

Põhireeglid kuidas geeni nimesid õigesti kirjutada:

• Metsiktüüpi geenid ja dominantsed alleelid tähistatakse kaldu (Italic) olevate trükitähtedega - MIP1
  
• Retsessiivsed alleelid tähistatakse kaldu (Italic) olevate kirjatähtedega - mip1
  
• Mutatntsed alleelid tähistatakse alleeli spetsiifilise numbriga - MIP1-1 ja mip1-1
• Valgud tähistatakse suure algustähega tavalises kirjas - Mip1
• Kui geeni lookust on muudetud (näit. geen on deleteeritud või geeni järele on lisatud markergeen), siis need tähistatakse vastavate sümbolitega (vt. alapeatükk "Tuumagenoomi geenid")