Tuumagenoomi geenid
Pagaripärmi tuumagenoomis paiknevate geenide enimkasutatud nimetused on toodud tabelis 1.
Tabel 1. Pagaripärmi geneetiline nomenklatuur ARG2 näitel.
| Geeni sümbol | Seletus |
| ARG+ | metsiktüüpi alleel, mis kontrollib arginiini biosünteesi |
| ARG2 | lookus, metsiktüüpi geen või dominantne alleel |
| arg2 | lookus või retsessiivne alleel |
| arg2-9 | konkreetne retsessivne alleel või mutatsioon |
| ARG2-7 | konkreetne dominantne alleel või mutatsioon |
| Arg+ | tüvi, mis ei vaja söötmes arginiini |
| Arg- | tüvi, mis vajab söötmes arginiini |
| Arg2 | valk, mida kodeerib ARG2 geen |
| ARG2::LEU2 | funktsionaalne LEU2 geen on viidud ARG2 lookusesse, ARG2 on funktsionaalne |
| arg2::LEU2 | funktsionaalne LEU2 geen on viidud ARG2 geeni, mis on seetõttu kaotanud funktsionaalsuse |
arg2- 1 |
arg2 deletsioon number 1 |
| arg2::LEU2 |
arg2 on asendatud funktsionaalse LEU2 geeniga |
| PCYC1-ARG2 | ARG2 geeni ekspressioon on CYC1 promootori kontrolli all |
Enamus geeni alleelidest saab jaotada kas dominantseteks või retsessiivseteks. See jaotus kehtib vaid kindla alleeli paari korral kui analüüsitakse heterosügootse diploidi fenotüüpi. Nii saab üks ja seesama alleel olla nii dominantne kui ka retsessiivne, sõltuvalt sellest millise alleeliga teda võrreldakse. Üheks selliseks näiteks on alleelid CYC1, cyc1-717 ja cyc1-1. Metsiktüüpi CYC1 alleeli korral ekspresseerub 100% rakus olevast Cyc1 valgust. Alleeli cyc1-717 korral ekspresseerub vaid 5% metsiktüüpi Cyc1 valgu tasemest. Geeni deletsioon cyc1-1 põhjustab Cyc1 valgu puudumist rakkudest. Analüüsides erinevaid alleelide paare selgub, et cyc1-717 alleel võib olla nii retsessiivne kui ka dominante. Retsessiivne on ta diploidis cyc1-717/CYC1, dominante aga diploidis CYC1-717/cyc1-1. Seetõttu on mõnikord selguse mõttes vajalik kõik mutantsed alleelid tähistada tavakirjas (näiteks cyc1).
Sageli kasutatakse resistentsuse või tundlikkuse tähistamiseks R ja S tähiseid. Selliseks näiteks võib tuua kanavaniin sulfaadi (can1) ja vask sulfaadi (CUP1) resistentsust kontrollivad geenid. Nii tähistatakse kanavaniin sulfaadi resistentsust canR1 ja tundlikkust CANS1. Vask sulfaadi resistentset tüve tähistatakse CUPR1 ja tundlikku tüve cupS1.
Pagaripärmi genoomis on mõned geenid, millede nimed ei allu reeglitele. Sellised geenid on paardumistüüpi määravas lookuses olevad MATa, MAT
, HMRa ja HML
. Pärmi genotüübi kirjeldustes kasutatakse lihtsuse mõttes paardumistüübi näitamiseks a ja tähiseid. Teiseks erandiks on endonukleaasi geen HO, mille poolt kodeeritav valk on vajalik paardumistüübi vahetumisel.