Eukarüootse raku mitokondris on oma genoom, mida nimetatakse mitokondriaalseks DNA-ks (mtDNA). Pagaripärmi mtDNA kodeerib 8 geeni (tsütokroom C oksüdaasi subühikud I, II ja III, ATPaasi subühikud 6, 8 ja 9, apotsütokroom B ja ribosoomi valk Var1), 21S rRNA-d, 15S rRNA-d, 24 tRNA-d ja 9S RNA-d (RNaas P komponent).

Pagaripärmi mtDNA-d nimetatakse ka rho faktoriks (pärandumine ei allu Mendeli seadustele) ning tähistatakse kreeka tähega (vt. tabel 2). Metsiktüüpi mtDNA tähistatakse ⁺. Kui rakud ei sisalda mtDNA-d, siis tähistatakse seda kui ⁰. Juhul kui mtDNA on muteerunud kuid siiski olemas, tähistatkse seda kui ^-.

Lisaks mtDNA poolt kodeeritud valkudele on mitokondri funktsioneerimiseks olulised ka tuumagenoomi poolt kodeeritud valgud. Neid kodeerivaid geene tähistatakse ka PET⁺ (juhul kui on tegemist metsiktüüpi geenidega) või pet^- (mutatsiooni sisaldavad geenid). Mutatsioonid nendes geenides ja defektid mtDNA-s põhjustavad rakkude kasvu puudumist mittefermenteeritaval süsiniku allikal (näiteks glütserool, etanool). Selliseid mutantseid tüvesid nimetatakse ka Nfs- mutantideks (nonfermentable substrates).

Tabel 2. Mitokondriaalsed geenid ja mutatsioonid.

Metsiktüüpi geen	Mutatsioon	Fenotüüp või geeni poolt kodeeritud valk
Tuumagenoomi geenid PET+	pet-	Nfs-
Mitokondriaalne DNA [ +]	[-], [o]	Nfs-
[COX1]	[cox1]	Nfs-, tsütokroom C oksüdaasi I subühik
[ATP9]	[atp9]	Nfs-, ATPaasi subühik 9
[eryS]	[eryR] või [rib1]	erütromütsiini resistentsus, mutatsioon 21S rRNA-s
[capS]	[capR] või [rib3]	klooramfenikooli resistentsus, mutatsioon 21S rRNA-s
[parS]	[parR] või [par1]	paromomütsiini resistentsus, mutatsioon 16S rRNA-s
[oliS]	[oliR] või [oli1]	oligomütsiini resistentsus, mutatsioon ATPaasi subühikus 9