Esimesed pärmigeneetikas kasutatud geneetilised markerid olid seotud fermentatsiooniga, st. kasutati geene mis võimaldasid pärmidel kasvada teatud suhkrutel. Mõned näited:

• SUC geenid (SUCrose fermentation, pagaripärmi genoomis on 7 omavahel mitteseotud lookust: SUC1-SUC5, SUC7, SUC8) paiknevad eri pärmidel erinevate kromosoomide telomeerses alas, nad kodeerivad periplasmas paiknevat invertaasi e. -fruktofuranosidaasi. Invertaas hüdrolüüsib disahhariidi sahharoosi (tekib fruktoos + glükoos) ja trisahhariidi raffinoosi (tekib fruktoos + melibioos);
• MAL geenid (MALtose fermentation) paiknevad samuti kromosoomi telomeerses alas, see multigeenne lookus kodeerib maltoosi transporterit (e. permeaas), maltaasi (e. -D-glukosidaas) ja MAL-aktivaatorvalku, mis on vajalikud disahhariidide maltoos, sahharoos, turanoos, maltotrioos hüdrolüüsil;
• GAL geenid (GALactose metabolism) kodeerivad ensüüme, mis on vajalikud galaktoosi transprodiks rakku ning selle lagundamiseks glükoos-6-fosfaadiks.

Nende markergeenide puudusteks on paiknemine telomeerses alas ning suhkrutel selektsioon. Seepärast on kasutusele võetud erinevad auksotroofsed markerid ja resistentsusgeenid.

Geneetilisi markereid kasutatakse :

• ristamisel kromosoomide ja tunnuste jagunemise jälgimiseks
• diploidide selekteerimisel
• plasmiidi transformeerimisel
• DNA järjestuse genoomi integreerimisel