Sirvi Autor "Ploom, Anu" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 10 10

Asa-aminohappe struktuuri mõju asa-peptiidi sünteesile kasutades aktivaatorit trifosgeen
(Tartu Ülikool, 2020) Härk, Heleri Heike; Ploom, Anu; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Asa-peptiidid on peptidomimeetikud, mis on arendatud vältimaks takistusi, mis esinevad peptiidide kasutamisel ravimikandidaatidena. Olemasolevad meetodid ei võimalda aga asapeptiidide sünteesi sobiva saagisega. Käesolevas magistritöös uuriti asa-aminohappe (asaGly, asaAla, asaLeu, asaVal) struktuuri mõju sidumisreaktsiooni efektiivsusele mudel asa-peptiidis H-asaAH-Ala-Phe-NH2 aktivaatoriga BTC. Lisaks uuriti ühe asa-aminohappe (asaAla) dipeptiidile H-Val-Phe-NH-vaik sidumise näitel, kas lisatavale asa-aminohappele eelneva aminohappe struktuur mõjutab sidumise efektiivsust. Selgus, et seotava asa-aminohappe ega sellele järjestuses eelneva aminohappe kõrvalahela struktuur praktiliselt ei mõjuta sidumisreaktsiooni kiirust ning mõjutab reaktsiooni saagist väga vähesel määral. Seega võib asa-aminohapete lisamiseks peptiidjärjestusse aktivaatoriga BTC rakendada ühesugust eeskirja sõltumata asa-aminohappe või sellele eelneva aminohappe alküül-kõrvalahela struktuurist. AsaGly sidumiseks peptiidjärjestusse on aga sobivam kasutada aktivaatorit DSC.
Asa-arginiini sisaldava asa-peptiidi H-RasaRASVA-NH2 süntees
(Tartu Ülikool, 2024) Palmet, Madis; Ploom, Anu; Troska-Palla, Alla; Palla, Rait; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Peptiidid on mitmetes eri valdkondades huvipakkuvad ühendid, kuid nende kasutamist ravimitena raskendavad halb membraanläbitavus ja väike metaboolne stabiilsus. Nende omaduste parandamiseks arendatakse peptidomimeetikuid. Asa-peptiidid on peptidomimeetikud, mille abil üritatakse eelkõige suurendada peptiidide metaboolset stabiilsust elusorganismides. Asa-peptiidide omadusi on aga uuritud vähe, kuna puuduvad efektiivsed meetodid nende sünteesimiseks. Peamine probleem on aminohappe lisamine asa-aminohappejäägi N-terminaalile. Käesoleva töö eesmärk on sünteesida proteiinkinaas A minimaalse substraadi RRASVA asa-analoog RasaRASVA, kasutades tahke faasi peptiidisünteesi (SPPS) eeskirja. Töö tulemusena sünteesiti asa-peptiid RasaRASVA ning Ghosez reagent osutus seni testitud aminohappe aktivaatoritest efektiivseimaks asa-peptiidsideme moodustamisel Arg ja asaArg vahel. Samas asa-aminohappejäägi N-terminaalile järgmise aminohappe lisamise reaktsioonitingimused vajavad veel optimeerimist.
Asa-arginiini sisaldavate asa-peptiidide süntees
(Tartu Ülikool, 2019) Troska, Alla; Mastitski, Anton; Ploom, Anu; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Peptidomimeetikud, sh asa-peptiidid on peptiidi analoogid, millel on vastava peptiidi omadused, kuid on pikema elueaga elusorganismis. Asa-peptiidide bioloogiliste omaduste laiemaks uurimiseks puuduvad aga efektiivsed sünteesimeetodid. Töö eesmärgiks oli sünteesida PKA „miinimumsubstraadi“ RRASVA asaArg analoogid. Asa-aminohapped ei ole püsivad ning nende lisamiseks peptiidijärjestusse kasutatakse prekursoritena hüdrasiini derivaate. Töö tulemusena täiendati meie töögrupis välja töötatud ja arendati ka alternatiivset asaArg prekursori sünteesimeetodit, mida kasutati asaRASVA sünteesimiseks tahke faasi sünteesi meetodil. AsaArg sisaldava mudel asa-peptiidiga viidi läbi ka kineetiline uurimus asa-peptiidsideme moodustumise efektiivsuse iseloomustamiseks kasutades selleks meie töögrupis välja töötatud meetodit. Selgus, et vastavate uuringute läbiviimiseks on meetodit vaja kohandada N-terminaalset asaArg sisaldavate asa-peptiidide jaoks, kuid saadud informatsiooni põhjal järeldati, et asaArg-le järgmise aminohappe sidumise sünteesimeetod vajab veel edasi arendamist, et sünteesida asa-analoogi RasaRASVA mõistliku saagisega.
Asa-peptiidsideme moodustumine aktivaatoriga TCFH
(Tartu Ülikool, 2025) Prillop, Annika; Ploom, Anu; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Asa-peptiidid on peptiidianaloogid, milles vähemalt ühe aminohappe α-süsinik on asendatud lämmastikuga. Asa-peptiidide süntees on aga keeruline; peamiselt valmistab probleeme asa-aminohappe N-terminaalile järgmise aminohappe sidumine. Selle reaktsiooni efektiivsemaks läbiviimiseks SPPS-meetodit kasutades on vaja testida erinevaid aminohappe aktivaatoreid. Selle töö eesmärgiks oli hinnata TCFH efektiivsust aminohappe aktivaatorina asa-peptiidsideme sünteesil mudelpeptiidides Ala-asaAla-Phe-NH2 ja Tyr-asaAla-Phe-NH2. TCFH-d testiti koos erinevate aluste ja lisandiga. Peamiseks probleemiks TCFH-d kasutades oli epimerisatsioon, mida oli küll võimalik lisandit kasutades alla suruda, kuid reaktsiooni saagised olid siiski madalad ja reaktsioon oli aeglane. Seega ei ole TCFH testitud mudelpeptiidides ja kasutatud reaktsioonitingimustel sobilik aktivaator asa-peptiidsideme sünteesimiseks.
Asa-peptiidsideme moodustumine aktivaatoriga trifosgeen
(Tartu Ülikool, 2018) Härk, Heleri Heike; Ploom, Anu; Arujõe, Meeli; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Peptiidid on head ravimikandidaadid, kuid nende kasutamine ravimitena on piiratud kiire lagunemise tõttu elusorganismides. Seega on arendatud peptidomimeetikuid, nt asa-peptiide, mis oleksid ensümaatilisele degradatsioonile vastupidavamad. Asa-peptiidide bioaktiivseid omadusi on aga vähe uuritud, kuna nende sünteesimiseks puuduvad sobilikud meetodid. Bakalaureusetöö eesmärgiks oli hinnata kineetilise meetodiga aktivaatori trifosgeen efektiivsust asa-peptiidsideme sünteesil mudelpeptiidis H-Ala-asaAla-Phe-NH2. Selgus, et asa-peptiidsideme moodustumise reaktsioon ei lähe lõpuni ja on aeglane ning võrreldes teiste asa-peptiidsünteesis kasutatud aktivaatoritega, on reaktsiooni saagis madal. Seega tuleks efektiivsemaks asa-peptiidide sünteesimeetodi välja töötamiseks testida veel tahkefaasilisel peptiidisünteesil kasutatud sidumisreagente või arendada sootuks uusi aktivaatoreid.
Asa-valiini sisaldavate asa-peptiidide süntees
(Tartu Ülikool, 2024) Noormets, Cynthia; Ploom, Anu; Troska-Palla, Alla; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Peptidomimeetikud on modifitseeritud peptiidid, mille üheks näiteks on asa-peptiidid. Peptiidide struktuurimuutuste eesmärgiks on parandada nende omadusi, et neid saaks kasutada näiteks paremate ravimikanditaatidena. Asa-peptiidide uurimist takistab nende sünteesimeetodite piiratus, kuna traditsioonilises tahkefaasi peptiidisünteesi (SPPS) meetodid alati ei toimi. Asa-peptiidsideme moodustamise efektiivsust mõjutab suuresti asa-aminohappe külgrühma steeriline takistus ning parimate saagiste saamiseks tuleb leida sobivad aktivaatorid ja nende kasutamise metoodika. Käesoleva töö eesmärgiks oli uurida aminohappe aktivaatorite TCFH ja Ghosez reagendi efektiivsust asa-peptiidsideme moodustamisel steeriliselt mahukaima asa-aminohappega, asa-valiiniga (asaVal). Aktivaatoreid testiti esmalt mudelpeptiidides H-Ala-asaVal-Phe-NH2 ja H-Ser-asaVal-Phe-NH2. Seejärel sünteesiti PKA miinimumsubstraadi RRASVA asa-analoog RRASasaVA. Selgus, et Ghosez reagent on seni testitud aminohappe aktivaatoritest tõhusaim asaVal-i N-terminaalile järgmise aminohappe lisamiseks.
Kiirus- ja tasakaalukonstantide lahutamine Grignardi reaktsioonis alkoksüsilaanidega ja ketoonidega
(2005) Ploom, Anu; Järv, Jaak, juhendaja; Tuulmets, Ants, juhendaja
Peptiid- ja asa-peptiidsideme tekke kineetiline uurimus
(Tartu Ülikool, 2017) Troska, Alla; Ploom, Anu; Arujõe, Meeli; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Peptiidid on tuntud bioaktiivsed ained, mida kasutatakse laialdaselt ravimite jne. tootmisel. Peptiidide kasutamist ravimitena piirab nende kiire lagunemine elusorganismis. Nende lagunemise pidurdamiseks luuakse peptidomimeetikuid - peptiide imiteerivaid aineid, nt asa-peptiide. Töö eesmärgiks oli võrrelda mudelpeptiidides H-Ala-Ala-Phe-NH2 ja H-Ala-asaAla-Phe-NH2 peptiid- ja asa-peptiidsideme moodustumist kasutades tahke faasi peptiidisünteesi meetodit (SPPS). Tulemusena saadi peaaegu täielikult atsüleerunud peptiid- või asa-peptiid. Asa-peptiidsideme süntees aminohappe aktiveerimisel aktivaatoriga PyOxim oli palju aeglasem võrreldes peptiidsideme moodustumisega. Tulemused näitavad, et tavalist SPPS protokolli ei saa rakendada otseselt asa-peptiidisünteesis. Aminohappe reaktsioonivõime suurendamiseks on vaja tõhusamaid aktivaatoreid, et saavutada asa-aminohappe semikarbasiidse osa efektiivsem atsüleerumine asa-peptiidsideme moodustumise reaktsioonil.
Proteiinkinaas A substraadi RRASVA asa-analoogide süntees aktivaatoriga COMU
(Tartu Ülikool, 2018) Truuman, Egle; Ploom, Anu; Arujõe, Meeli; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Peptiidid on tähtsad bioaktiivsed ühendid, mille kasutamist farmakoloogilistel eesmärkidel raskendab nende kiire ensümaatiline degradatsioon. Degradatsiooni pidurdamiseks kasutatakse peptiidide asemel peptidomimeetikuid, mille hulka kuuluvad ka asa-peptiidid. Asa-peptiidide bioaktiivseid omadusi on aga vähe uuritud, kuna puuduvad efektiivsed meetodid nende sünteesimiseks. Käesoleva töö eesmärgiks oli sünteesida proteiinkinaas A minimaalse substraadi RRASVA asa-analoogid, kasutades asa-peptiidsideme sünteesil aktivaatorit COMU. H-RRASVasaA-NH2 ja H-RRasaASVA-NH2 sünteesiti tahke faasi peptiidisünteesi eeskirja järgi. Töö tulemusena järeldati, et asa-peptiidi sünteesimetoodika vajab veel optimeerimist nii asa-aminohappe kinnitumisel tahkele kandjale kui ka asa-peptiidsideme moodustamisel.
Quantitative structure-reactivity analysis in organosilicon chemistry
(2009-05-11T05:24:17Z) Ploom, Anu
In this work we studied substituent effects in organosilicon chemistry using correlation analysis, which has proved to be a useful tool for unravelling reaction mechanisms and prediction of rate or equilibrium constants. We have carried out a critical revision of quantitative data about reactivity of organosilicon compounds and compared this information with views stemmed from organic reactions at carbon atom. This analysis revealed that for organosilicon compounds differently of carbon compounds, the Taft ES scale of steric parameters is not applicable, the classical resonance effect is insignificant in nucleophilic substitution reactions at the silicon reaction center, and the inductive effect of substituents must be expressed by two terms, involving one that describes electronegativity. Further we have revised sets of steric constants for alkyl substituents in silicon compounds and extended the ES(Si) scale by Cartledge for polar substituents, for which the data were not available hitherto. In parallel with this theoretical analysis, we also launched practical investigations into quantitative aspects of the reactivity in the Grignard reaction with silanes. A small number of kinetic studies of this reaction has been published before, however the structure-reactivity relationships for these data were analyzed for the first time in this study. Käesolevas töös tegeleti struktuuriefektide uurimisega räniorgaaniliste ühenditega toimuvates reaktsioonides korrelatsioonanalüüsi meetodil, mis annab võimaluse ennustada tasakaalu- või kiiruskonstante ning välja selgitada reaktsioonimehhanismi detaile. Eelkõige vaadati üle räniorgaaniliste ühendite reaktsioonivõime andmed ja töödeldi olemasolevat andmestikku korrelatsioonivõrrandite meetodil, mille tulemusena selgus, et: Tafti steerilised konstandid ES, mis on määratud süsiniku tsentris toimuvatest reaktsioonidest, ei sobi steeriliste efektide kirjeldamiseks ränitsentri juures toimuvates reaktsioonides, resonantsiefekt on ebaoluline vähemalt ränitsentri juures toimuvates nukleofiilsetes asendusreaktsioonides ning asendusrühmade induktsiooniefekti tuleb kirjeldada kahe liikmega, kaasates ka liikme, mis iseloomustab asendaja elektronegatiivsust. Samuti täiendati ja parandati olemasolevaid alküülrühmade steeriliste konstantide skaalasid, mis kirjeldavad kvantitatiivselt alküülrühmade mõju ränitsentris toimuvatele reaktsioonidele ning laiendati Cartledge konstantide skaalat ES(Si) ka polaarstele asendajatele, mille kohta kirjanduses andmed puuduvad. Seega on meil nüüd võimalik uurida struktuuriefekte korrelatsioonianalüüsi meetodil ränitsentri juures toimuvates reaktsioonides, kasutades sobivaid parameetrite skaalasid. Peale selle uuriti struktuuriefekte Grignard`i reaktiivi ning silaanide vahelistes reaktsioonides. Saadud kineetiliste andmetega tehtud korrelatsioonianalaüüsil tuli ilmsiks, et Grignard`i reaktiivi reaktsioonis tetraetoksüsilaaniga valib reaktsioon steerilise takistuse kasvades teise tee, mis on vähem tundlik steerilistele efektidele. Lisaks tegeleti solvendi efektide uurimisega monosolvateeritud Grignard`i reaktiivi reaktsioonides alkoksüsilaanidega töötades välja meetodi, mis võimaldab antud reaktsioonis tasakaalu- ja kiiruskonstante eraldi määrata. See meetod annab võimaluse eraldi ning detailselt välja selgitada nii Grignard`i reaktiivi struktuuri kui ka solvendi mõju komplekseerumis-tasakaalule ja reaktsioonile endale.