Sirvi Autor "Sedman, Juhan, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 20

Biochemical characterization of Irc3 helicase
(2023-08-24) Piljukov, Vlad-Julian; Sedman, Juhan, juhendaja; Shimmi, Osamu, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mitokondril, raku organellil, mis on peamiselt tuntud raku energia tootmise eest, on märkimisväärne omadus – eraldiseisva ja autonoomse genoomi olemasolu. Kui see genoom kahjustub või kaob, põhjustab see tavaliselt kohutavaid tagajärgi, mis ulatuvad haigustest kuni surmani. Teadlased on sageli kasutanud pagaripärmi Saccharomyces cerevisia selleks, et uurida kuidas rakud säilitavad oma mitokondriaalset DNA-d. See pärm on ideaalne mudel mitokondrit mõjutavate mutatsioonide uurimiseks, sest ta on võimeline ellu jääma ilma toimiva mitokondriaalse genoomita, mis tavaliselt põhjustab keerulisemates organismides surma. Pärmi mitokondris on palju erinevaid valke, mis osalevad mitokondriaalse genoomi säilimises. Nende seas on üks oluline klass valke, mida nimetatakse helikaasideks. Helikaasid on ensüümid, mis töötavad nagu väikesed mootorid kasutades ATP energiat DNA ja RNA molekulide peal roomamiseks ja nende ümberkorraldamiseks. Üks pärmi mitokondris leitud helikaasidest, Irc3, on meie erilist tähelepanu pälvinud. Irc3 tüüpi valgud esinevad erinevates pärmi liikides, kuid mitte teistes organismides. Termotolerantsest pärmist Ogataea polymorpha pärinev Irc3 võib toimida suhteliselt kõrgetel temperatuuridel, mis on helikaaside puhul haruldane omadus. Lisaks interakteerub Irc3 nii DNA kui ka RNA molekulitega, mis on samuti suhteliselt haruldane omadus helikaaside seas. Irc3 uurimine seob tema rolli mitokondriaalse genoomi säilitamisega ja viimastes uuringutes on seda seostatud ka RNA helikaasi funktsioonide täitmisega valgu molekuli sünteesi käigus. Lisaks viitavad Irc3 haruldased biokeemilised omadused potentsiaalsele rollile pärmi DNA ja RNA metabolismide sünkroniseerimisel. Lisaks oma fundamentaalsele tähtsusele selles osas kuidas pärmi mitokondrid säilitavad oma geneetilist materjali, võivad antud uuringu tulemused tulevikus pakkuda ka uusi sihtmärke ravimite arendamiseks.
Biochemical properties of Hmi1p, a DNA helicase from Saccharomyces cerevisiae mitochondria
(2006) Kuusk, Silja; Sedman, Juhan, juhendaja
Characterization of the yeast Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA helicase Hmi1
(2005) Sedman, Tiina; Sedman, Juhan, juhendaja
Development of tissue-specific homing peptides using probabilistic machine learning
(Tartu Ülikool, 2025) Tootsi, Jasper August; Teesalu, Tambet, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Pleiko, Karlis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
A central challenge for curing complex diseases is inefficient drug delivery. One potential solution is to use homing peptides that target unique tissue markers for selective drug delivery, increasing therapeutic effectiveness and decreasing side effects. This thesis presents an integrated in silico and in vitro workflow that accelerates the discovery and optimization of receptor-specific homing peptides from months and years to weeks. High-copy T7-phage display proved the importance of multivalency, showing higher binding in all cases. These results show that generative modelling can learn receptor-specific pharmacophores and potentially yield functional ligands, offering a hand to time-consuming receptor-aware peptide design.
Geenist ülesvoolu paiknevate avatud lugemisraamide poolt vahendatud geeniekspressiooni regulatsioon pärmis Saccharomyces cerevisiae
(2006) Verhovtsova, Polina; Sedman, Juhan, juhendaja
Hansenula polymorpha rekombinatiivse helikaasi Irc3 ekspressioon, puhastamine ja aktiivsuse võrdlus Saccharomyces cerevisiae Irc3-ga
(Tartu Ülikool, 2018) Maal, Kadri; Sedman, Tiina, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
H. polymorpha on termotolerantne metülotroofne pärmseen, mille optimaalne kasvutemperatuur on 45 C (Levine ja Cooney, 1973) ning mis sobib hästi rekombinantsete valkude tootmiseks (Hollenberg ja Gellissen, 1997). Irc3 on mitokondriaalne helikaas, mis on oluline mitokondriaalse DNA säilitamisel (Sedman jt., 2014). Antud töö eesmärgiks oli ekspresseerida ja puhastada H. polymorpha Irc3 helikaas ning viia läbi ATPaasse aktiivsuse mõõtmised erinevatel temperatuuridel, et vaadata võimalikku temperatuuri mõju Irc3 valgu aktiivsusele. Samad katsed viidi läbi ka S. cerevisiae Irc3-ga. Katsete tulemusena selgus, et H. polymorpha Irc3 valgul esines ATPaasset aktiivsust veel ka 42 C juures, kuid S. cerevisiae valgul mitte. See näitas, et H. polymorpha Irc3 valk on termostabiilsem võrreldes S. cerevisiae Irc3-ga.
Hematoentsefaalbarjääri penetreerivate peptiidide avastamine ja iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2025) Nõmmik, Hanka Karmen; Põšnograjeva, Kristina, juhendaja; Teesalu, Tambet, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Vere-aju barjäär (HEB) kaitseb kesknärvisüsteemi erinevate kahjulike ühendite ja patogeenide eest ning on oluline aju homöostaasi säilitamiseks. HEB tõttu on blokeeritud paljude ravimite transport kesknärvisüsteemi. Üheks võimaluseks HEB ületamiseks ja selleks, et parandada ravimite transporti ajju ja seeläbi ka nende efektiivsust, on kasutada HEB-läbivaid kullerpeptiide. Ravimisuunajatena on kullerpeptiidide eelisteks kõrge bioohutus, sünteesimise lihtsus ja siirdemeditsiiniline asjakohasus. Kasutades faagidisplei tehnoloogiaid, avastati Teesalu laboris hiljuti uudne HEB-i penetreeriv kullerpeptiid, mille ajuakumulatsiooniks on eeltingimuseks kompleksi moodustamine plasma adaptervalguga. Käesolevas bakalaureusetöös viidi läbi rakuvaba faagidisplei skriinid, et leida adaptervalguga seonduvaid uusi peptiide ning viidi läbi nende esmased validatsioonikatsed.
Hmi1 helikaasi järjestuses konserveerunud aminohapete roll valgu funktsionaalsuses
(Tartu Ülikool, 2018) Sillamaa, Sirelin; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mitokondriaalse DNA säilimises mängivad olulist rolli mitokondriaalsed helikaasid. S. cerevisiae mitokondriaalne helikaas Hmi1 kuulub superperekonda 1 ja omab sarnaselt teistele helikaasidele iseloomulikke konserveerunud motiive. Järgneva magistritöö käigus näidatakse, et üksikahelalise DNA sidumisega seotud aminohapete muteerimine Hmi1 valgus mõjutab oluliselt mitokondriaalse DNA stabiilsust. Mutatsioonid aminohappelises järjestuses viivad aja jooksul respiratoorsete rakkude osakaalu vähenemiseni kultuuris, mis väljendab mitokondriaalse DNA ebastabiilsust. Samuti puhastatakse töö käigus nii metsiktüüpi Hmi1 valk, mis omab helikaasset aktiivsust ja mutantsed valgud, mis ei suuda hüdrolüüsida ATP molekule.
In vivo studies of Saccharomyces cerevisiae Hmi1 helicase mitochondrial transport
(2005) Lubenets, Dmitri; Sedman, Juhan, juhendaja
Interaktsioonid pärmi Saccharomyces cerevisiae helikaasi Hmi1 ja tugivalgu Ste5 vahel
(2006) Aun, Anu; Sedman, Juhan, juhendaja
Irc3 is a mitochondrial branch migration enzyme in Saccharomyces cerevisiae
(2018-02-15) Gaidutšik, Ilja; Sedman, Juhan, juhendaja; Sedman, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mitokonder (mt) on raku organell, mida tihtipeale seostatakse oksüdatiivse fosforüleerimisega ehk energia tootmisega ATP kujul. Mitokondris on oma genoom, mis kodeerib mõningaid valgulisi komponente oksüdatiivse fosforüülimise läbiviimiseks. Seetõttu on mitokondri genoom hädavajalik enamike eukarüootsete organismide ellujäämiseks. Kuna mt genoom ei kodeeri kõiki mitokondri funktsioneerimiseks vajalikke valke, siis on enamik mitokondriaalseid valke tuuma päritolu. Kuidas mitokondriaalset DNAd säilitatakse ja millised valgud selles osalevad pole lõplikult teada. Seda protsessi aitab paremini mõista uute mtDNA säilitamises osalevate valguliste faktorite väljaselgitamine. Pagaripärm S. cerevisiae on eukarüootne mudelorganism, mille eripäraks on võime eksisteerida ilma mtDNA-ta. See teeb antud mudelorganismi mugavaks mudelobjektiks mtDNA säilitamisega seotud protsesside uurimisel. Antud töö eesmärk oli uurida valgu Irc3 bioloogilist rolli pagaripärims. Senini oli teada, et see valk sisaldab konserveerunud helikaasseid motiive ning tundmatu funktsiooniga C-terminaalset domeeni. Lisaks arvati, et Irc3 omab funktsiooni mitokondris. Leidsime, et Irc3 on tõepoolest mitokondriaalne valk, mis on vajalik mtDNA säilitamiseks. Lisaks näitasid biokeemilised katsed, et Irc3 on spetsiifiline DNA helikaas, mis töötab hargnenuid DNA struktuuridega nagu replikatioonikahvlid ja Holliday ühendused. Uurides valku Irc3 lähemalt selgus, et ensüümi C-terminaalne domeen tagab valgu spetsifilisuse nimetatud struktuuride suhtes ja on vajalik enamuste ensüümi aktiivsuste säilimiseks. Minu doktoritöö tulemusel paigutub Irc3 spetsiifiliste helikaaside hulka. Need valgud funktsioneerivad homoloogilise rekombinatsiooni valdkonnas. Arvatavasti omab Irc3 pärmi mitokondris mitu funktsiooni olles nii spetsiifilise mtDNA reparatsiooni raja, käivitaja, homoloogilise rekombinatsiooni katalüüsija kui ka rekombinatsiooni kontrollija. Rekombinatsioon on sage protsess pärmi mitokondris ja hädavajalik mtDNA säilitamiseks. Antud töö näitas veenvalt, et helikaasse aktiivsusega valk, mis töötab hargnenud DNA molekulide peal, on vajalik pärmi mitokondriaalse säilitamise DNA jaoks.
Kasvajaselektiivsete kullerpeptiidide identifitseerimine glioblastoomi loommudelites
(Tartu Ülikool, 2025) Siigur, Kleer; Teesalu, Tambet , juhendaja; Holm, Jorgen, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Multiformne glioblastoom (GBM) on kõige levinum ja letaalsem primaarne ajukasvaja, mille patsientide elulemus on keskmiselt 15 kuud. Üheks lahendamata probleemiks GBM-i ravis on vere-aju barjäär, mis takistab süsteemsete ravimite jõudmist kasvajasse. Kullerpeptiidid on 3–15 aminohappest koosnevad molekulid, mida kasutatakse ravimite, kontrastainete ja nanoosakeste täppissuunamiseks. Need peptiidid seonduvad selektiivselt veresoonte pinnal asuvate makromolekulidega. Käesolevas bakalaureusetöös kasutati in vivo faagidisplei meetodit uute GBM-i suhtes selektiivsete kullerpeptiidide leidmiseks. Selleks viidi glioblastoomi loommudelites läbi neljatsükliline faagidisplei skriining, millele järgnes järgmise põlvkonna sekveneerimine ja bioinformaatiline andmeanalüüs. Uuringu tulemusena tuvastati mitu kandidaat-kullerpeptiidi, mille GBM-selektiivsuse ja rakendusvõimaluste selgitamiseks on vajalikud täiendavad uuringud.
Kullerpeptiidi retseptori identifitseerimine lähiligeerimise meetodil
(Tartu Ülikool, 2025) Enno, Rasmus; Teesalu, Tambet, juhendaja; Põšnograjeva, Kristina, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Vaskulaarsed endoteelirakud avaldavad erinevaid omadusi sõltuvalt koe füsioloogilisest seisundist. Nende rakkude pinnaretseptorite sihtmärgistamiseks on välja töötatud vaskulaarsed kullerpeptiidid (ingl. vascular homing peptides, VHP), mida avastatakse in vivo faagidisplei abil. Kuna faagidisplei ei võimalda retseptorite kohest tuvastamist, kasutatakse nende leidmiseks sageli afiinsuskromatograafiat. Selle protsessi oluline etapp on rakkude lüüs, mille käigus vabanevad rakusisesed valgud, mis võivad häirida VHP-de seondumist sihtvalkudega, vähendades märgistamise spetsiifilisust. Selle piirangu ületamiseks töötati käesolevas töös välja mädarõika peroksüdaasist (HRP) sõltuv, VHP-ga suunatud lähiligeerimise meetod, mis võimaldab märgistada peptiidi läheduses paiknevaid valke elusrakkudes. Mudelsüsteemina kasutati kullerpeptiidi järjestusega RPARPAR (RPAR) ja selle retseptorit neuropiliin-1 (NRP-1). RPAR-HRP konjugaat võimaldas NRP-1 positiivsete rakkude selektiivset märgistamist AlexaFluor 647-türamiidi ja biotiin-türamiidiga. Märgistatud rakupinnavalgud isoleeriti afiinsuskromatograafia abil ning NRP-1 tuvastati Western blot’i ja massispektromeetrilise analüüsi kaudu. Antud töö tulemused näitavad, et VHP-ga juhitud lähiligeerimine on toimiv strateegia kullerpeptiidide sihtretseptorite tuvastamiseks terviklikel elusrakkudel.
Mitokondriaalsel helikaasil Hmi1 ja transkriptsioonil on oluline mõju mitokondriaalse DNA sünteesile S. cerevisiae rho- mutantides
(Tartu Ülikool, 2018) Salumäe, Astrid; Sedman, Tiina, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pärmi mitokondri ja mitokondriaalse DNA (mtDNA) uurimiseks kasutatakse petite mutante, kuid siiani on teadmata, kuidas toimub mtDNA replikatsiooni nii metsiktüüpi (rho+) kui defektse mtDNA-ga (rho-) petite mutantides. Selgusetu on ka aktiivse ori-ga rho- tüvede hüpersupressiivsuse mehhanism. Välja on käidud kaks replikatsiooni initsiatsiooni mudelit: RNA praimeerimisega ja rekombinatsioonist sõltuv. Antud töös uuriti kahe rho+ mtDNA säilitamiseks vajaliku mitokondriaalse valgu, RNA polümeraasi Rpo41 ja mtDNA helikaasi Hmi1 deletsiooni mõju rho- tüvede mtDNA replikatsiooni intermediaatidele
PKA ja TOR aktiivsuse kontroll mitokondriaalse defektiga pärmi tüvedes
(Tartu Ülikool, 2013) Sakkarias, Annika; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogai instituut.
Quantitative analysis of Mitochondrial DNA (mtDNA) copy number in yeast S.cerevisiae cerevisiae strain strain W303 α
(Tartu Ülikool, 2013) Hou, Yingjian; Sedman, Juhan, juhendaja
Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse DNA polümeraasi Mip1 puhastamine ja biokeemiline analüüs
(2006) Viikov, Katrin; Sedman, Juhan, juhendaja; Väljamäe, Priit, juhendaja
Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse nukleaasi Din7 in vivo analüüs ja rekombinantse valgu ekspressioon
(Tartu Ülikool, 2020) Rukins, Valentina; Sedman, Juhan, juhendaja; Sillamaa, Sirelin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Funktsionaalne mitokondriaalne genoom, mille metabolismis osalevad mitmed tuuma DNA-lt transleeritud valgud (k.a nukleaasid), kodeerib mõningaid elektrontranspordiahelas osalevaid komponente ning on oluline rakkude respiratoorse võime säilitamiseks. Käesolevas töös analüüsiti transformatsiooni teel saadud mitokondriaalset eksonukleaasi kodeeriva DIN7 geeni deletsiooni mõju S. cerevisiae rakkudele ning võrreldi seda respireeriva metsiktüüpi tüvega. Lisaks konstrueeriti Din7 valgu ekspressioonivektor edaspidiseks puhastamiseks ning optimeeriti liitvalgu ekspressiooni tingimusi (kasvusööde ja ekspressioonitemperatuur). Töö tulemused kinnitavad, et Din7 valk ei ole hädavajalik funktsionaalse mtDNA säilitamisega seotud protsessides
Termotolerantse mikroorganismi mitokondriaalse DNA polümeraasi puhastamine
(Tartu Ülikool, 2014-06-10) Sandrak, Paula Salme; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
The role of helicases Hmi1 and Irc3 in yeast mitochondrial DNA maintenance
(2024-05-16) Sillamaa, Sirelin; Sedman, Juhan, juhendaja; Jõers, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mitokonder on multifunktsionaalne rakuorganell, mille üheks olulisemaks ülesandeks on oksüdatiivne fosforüleerimine, mille tagab mitokondriaalne hingamisahel. Hingamisahel pannakse mitokondris kokku põhiliselt tuuma genoomi poolt sünteesitud valkudest, kuid väikene osa valke sünteesitakse ka mitokondri enda väikese genoomi poolt. Mitokondriaalse DNA säilitamine on oluline eukarüootse raku ellu jäämiseks ja ka väiksemad ümberkorraldused mitokondri genoomis viivad inimestel erinevate mitokondriaalsete haiguste tekkimiseni. Pagaripärm S. cerevisiae on eriline mudelorganism, kuna suudab fermentatiivsel süsinikuallikal ellu jääda ka ainult osalise või täielikult puuduva mitokondriaalse DNA-ta. See võimaldab uurida erinevate valkude puudumise mõju mitokondriaalse DNA säilimisele. Üheks selliseks valkude grupiks on helikaasid, mis kasutavad erinevate nukleiinhapete modifitseerimiseks ja lahti sidumiseks ATP hüdrolüüsi energiat. Käesolev doktoritöö keskendub kahe pärmi-spetsiifilise mitokondriaalse DNA helikaaside Hmi1 ja Irc3 funktsiooni uurimisele. Doktoritöö tulemused näitavad, et Irc3-laadsed helikaasid on olulised hargnenud DNA molekulide modifitseerimises, et vältida kahjustatud ja katki läinud DNA molekulide kuhjumist rakus, mis viiks aja jooksul mitokondriaalse DNA kadumiseni. Lisaks sellele on Irc3-laadse helikaasid tõenäoliselt olulised ka RNA metabolismis ja see funktsioon, võib mõjutada ka mitokondriaalse DNA säilimist. Hmi1 helikaas on hädavajalik funktsionaalse mitokondriaalse genoomi säilimiseks S. cerevisiae rakkudes. Erinevalt paljudest teistest helikaasidest ei ole ATP hürdolüüs hädavajalik Hmi1 funktsioneerimiseks. Doktoritöö tulemused näitavad, et Hmi1 omab mitokondris nii ATP hüdrolüüsist sõltuvat kui ka sõltumatut funktsiooni. Selle doktoritöö tulemused laiendavad meie arusaama mitokondriaalsete helikaaside mitmekülgsusest ja aitavad kaasa mitokondriaalse DNA säilimise komplekse süsteemi mõistmisele.